ضرورت مقاومت در برابر دشمن متجاوز و از ان مهمتر؛ آزادسازی مناطق اشغالی، به موازات تحول سیاسی در داخل کشور، از طریق حذف بنی صدر و سازمان مجاهدین خلق، زمینه بسیج و اعزام نیروهای مردمی را به جبهه های جنگ فراهم کرد. در واقع حل و فصل مسائل سیاسی- امنیتی در شهرها، موجب تمرکز نیروها و امکانات کشور از مسائل سیاسی- امنیتی، به مسائل نظامی و در نتیجه موجب تأکید بر ضرورت آزادسازی مناطق اشغالی شد.

   تشکیل خطوط دفاعی و پدافندی در برابر دشمن و اجرای سلسله عملیات های ایذایی و محدود در مناطق مختلف، زمینه سازماندهی نیروهای مردمی را در سپاه در چارچوب دسته، گروهان و گردان فراهم کرد. این مرحله، از ماه دوم جنگ در سال 59 آغاز شد و تا سال 60 ادامه یافت. در نتیجه آن، سپاه در محورها و مناطق مختلف صحنه نبرد، دارای فرماندهانی شده بود که با شناخت زمین و اشراف کامل بر دشمن، از قدرت و توانایی نفوذ در مواضع دفاعی عراق، برخوردار بودند.

   پس از ناکامی در آزادسازی مناطق اشغالی در شش ماهه اول جنگ، ضرورت تحول در صحنه نظامی وآزادسازی از یکسو و فراهم شدن زمینه جذب نیروهای مردمی پس از حذف بنی صدر از سوی دیگر، شرایط را برای گسترش سازمان سپاه و مشارکت فعال آن در آزادسازی مناطق اشغالی فراهم کرد. سپاه در عملیات شکست حصر آبادان، برای نخستین بار با سازمان گردان و به استعداد 15 گردان در سه محور که برابر یک لشکر محسوب می شد، در کنار سه تیپ از ارتش وارد عملیات شد. پیروزی در عملیات ثامن الائمه(ع) به همان اندازه که به لحاظ سیاسی- اجتماعی و نظامی- امنیتی اهمیت داشت، برای تغییر در ساختار سپاه از امنیتی به نظامی، موثر بود. چنانکه پس از آن، با انتصاب آقای محسن رضایی به فرماندهی کل سپاه، همچنین بسیج و اعزام نیروها به جبهه، سازمان نظامی سپاه از گردان به تیپ و از تیپ به لشکر گسترش پیدا کرد.

   تحول یاد شده موجب تلاقی تجربه نظامی- امنیتی سپاه با بسیج نیروها به جبهه و در نتیجه فراهم شدن زمینه های گسترش سازمان نظامی سپاه شد. تجربه و ظرفیت سپاه برای سازماندهی نیروهای مردمی، به همراه توانایی طرح ریزی، فرماندهی و هدایت عملیات، همان تحولی بود که در جنگ صورت گرفت و عراق نسبت به آن غافلگیر شد. در واقع آزادسازی مناطق اشغالی، حاصل تحول نظامی با ریشه های سیاسی- اجتماعی بود و عراق نسبت به آن، هیچ گونه اشراف اطلاعاتی نداشت و به همین دلیل در برابر آن غافلگیر شد.

   در این مرحله، جلسات مشترک ارتش و سپاه با تشکیل قرارگاه عملیاتی مشترک، نتایج قابل توجهی به همراه داشت. نخست آنکه بر هماهنگی ارتش و سپاه و تعامل دانش و تجربه آنها، افزود و همچنین توان نظامی ایران را برای آزادسازی مناطق اشغالی افزایش داد. علاوه بر این ها، سازمان سپاه را برای هماهنگی و ادغام با نیروهای ارتش برای عملیات مشترک در آزادسازی مناطق اشغالی، گسترش داد. در این مرحله، نقش شهید صیاد شیرازی در ارتش و نقش آقای محسن رضایی در سپاه، برای هماهنگی در سطح عملیات، بسیار تعیین کننده و قابل توجه بود.