همزمان با پیدایش و تشدید تنش‌های سیاسی در کشور که پس از پیروزی انقلاب و در روند استقرار نظام و تعیین جهت گیری‌های راهبردی-ساختاری شکل گرفته بود، حمله عراق به ایران، موجب تمرکز بر دفاع مردمی و همه جانبه در برابر تجاوز عراق، به جای تمرکز بر مناقشات سیاسی شد. پس از زمین‌گیر شدن ارتش عراق در مناطق اشغالی و کاهش التهابات ناشی از وقوع جنگ، مناقشات سیاسی در کشور مجدداً از سر گرفته شد. پیوستگی مناقشات سیاسی با مسائل جنگ در دو زمینه مطرح بود که همچنان نیز درباره آن بحث و گفتگو صورت می گیرد:

مرحله نخست؛ مناقشه سیاسی، با تأکید بر دو مسئله متفاوت بود؛ به این شکل که از یکسو نسبت به بی‌توجهی دولت موقت و بنی صدر نسبت به تحرکات عراق انتقاد می‌شد و متقابلاً تأثیر تصرف سفارت آمریکا و محاکمه عناصر فعّال در کودتای نقاب در ارتش، بمثابه تحریک عراق به حمله نظامی و تضعیف قدرت دفاعی ایران ارزیابی می شد.

مرحله دوم؛ پس از استقرار ارتش عراق در سرزمین ایران، ضرورت آزادسازی مناطق اشغالی به مطالبه عمومی تبدیل شد. متقابلا تاکید می شد از تلاش رئیس جمهور و فرمانده کل قوا برای حل مسئله جنگ ممانعت می شود. با شکست بنی‌صدر در آزادسازی مناطق اشغالی، بحران سیاسی موجب شد بجای بسیج منابع برای آزادسازی مناطق اشغالی، درگیری های سیاسی در داخل شهرها شدت یافت و زمینه های درگیری نظامی را فراهم کرد.

در این میان، حادثه 14 اسفند سال 1359 در دانشگاه تهران، نقطه تعیین کننده در روند تحولات سیاسی- اجتماعی در کشور بود که پس از سه ماه،  منجر به استیضاح رئیس جمهور و فرار وی به فرانسه شد. در حالیکه نیروهای اشغالگر در بخشی از سرزمین ایران حضور داشتند، با آغاز درگیری‌های نظامی در شهرها از سوی سازمان مجاهدین خلق و سایر گروه های سیاسی، وضعیت سیاسی- امنیتی و نظامی ایران در معرض شکنندگی قرار گرفت.

یکی از مهمترین آموزه‌های بحران نظامی- امنیتی در سال‌های اولیه انقلاب و جنگ، تأثیر مناقشه سیاسی در ساختار سیاسی و جامعه ایران، بر غافلگیری در برابر جنگ و در نتیجه اشغالِ بالغ بر 20 هزار کیلومتر از مناطق اشغالی کشور، به مدت 20 ماه بود. چنانکه ازادسازی مناطق اشغالی و تامین ثبات سیاسی را با هزینه زیادی همراه کرد که نتایج و پیامدهای سیاسی و امنیتی آن همچنان ادامه دارد.

تجربه یاد شده، این فرض را تائید می کند که؛ در مواجهه با تهدید خارجی و مخاطره آمیز در کشور، ظهور چندصدایی و دوگانگی رفتاری، موجب غافلگیری و مهمتر از آن، پیوستگی بحران خارجی با بحران سیاسی- امنیتی در کشور خواهد شد که غلبه بر آن، با دشواری و هزینه‌های فراوان در زمان طولانی همراه خواهد بود.